Na área da construção civil, em transacções entre empresas, aplica-se o regime especial da inversão do sujeito passivo, em que neste regime a responsabilidade para a liquidação do iva é do adquirente dos serviços de construção civil e não do prestador de serviço. Ou seja quem liquida o IVA é quem encomenda a Obra, e não o construtor. Isto verifica-se pela emissão da fatura, em que a empresa de construção civil emite uma fatura com IVA a zero, e diz no documento: IVA em Autoliquidação.
Contudo para empresas médicas, que sejam 100% isenta de iva, este regime não pode ser aplicado, porque a empresa médica, sendo isenta de iva não tem capacidade para liquidar iva, até porque não entrega a Declaração Periódica de IVA. Portanto uma empresa médica, que seja totalmente isenta de iva (isenção art . 9º do Código do IVA), tem que informar a empresa de construção civil que é para emitir fatura acrescido de IVA à taxa legal em vigor, e não para emitir fatura com em IVA em autoliquidação. A empresa médica paga o serviço e o IVA do serviço ao empreiteiro, e este é que liquida o iva e entrega-o às Finanças.
Caso a empresa médica não seja 100% isenta de iva, porque pode ter atividade secundária de consultoria, formação ou outra atividade sujeita e não isenta de IVA, que obriga à entrega de Declaração Periódica de IVA, então a fatura da empresa de construção civil deve ser emitida com IVA em autoliquidação (a zeros) e quem irá liquidar e entregar o IVA às finanças será a empresa médica, que neste caso é mista em IVA (tem negócios isento e não-isento).
É preciso ter muito cuidado, porque a responsabilidade por pedir a fatura correta à empresa de construção civil, seja fatura em autoliquidação ou não, é do adquirente do serviço, neste caso a empresa médica que adquiriu o serviço de construção civil.